O Ensino Fundamental II, é o segmento da educação básica que dá continuidade e aprofunda as aprendizagens adquiridas no Ensino Fundamental I, trazendo por sua vez desafios mais complexos e práticas educativas mais amplas e contextualizadas, voltadas ao desenvolvimento dos educandos como cidadãos autônomos, críticos e reflexivos, capazes de conhecer e interagir com a realidade em que vivem, permitindo assim uma formação integral, que extrapola as fronteiras da sala de aula. 

Ao término do 9º ano, o aluno estará apto a ingressar no Ensino Médio, conforme descrito no Projeto Político Pedagógico da Instituição “O Ensino Fundamental II proporciona ao educando condições para o desenvolvimento harmônico de suas potencialidades, com vistas à realização pessoal, ao exercício da cidadania, e à preparação para o ingresso no Ensino Médio. (PROJETO POLÍTICO PEDAGÓGICO DO COLÉGIO MILITAR DOM PEDRO II, 2016, p.8).
Para melhor desempenho da missão de educar, a coordenação dispõe de coordenadores pedagógicos para cada uma das áreas do conhecimento; além do coordenador da série, que trata de todas as questões administrativas de sua série.
O atendimento a pais e alunos é realizado diariamente, durante o horário de aula, presencialmente na coordenação (mediante agendamento), através do telefone 3298-8858, do Escolaweb no link Atendimento, ou ainda pelo e-mail da coordenação (coord.ef@cmdpii.com.br).